Entre los objetivos de la ecotoxicología es el describir el comportamiento de los contaminantes en el ambiente y evaluar los efectos adversos de éstos en los ecosistemas. Las investigaciones ecotoxicológicas se realizan mediante el monitoreo ambiental el cual establece las formas de cómo se liberan los compuestos y determina cuál es su destino en el ambiente y el biológico que consiste en evaluar los efectos adversos en individuos, poblaciones, comunidades y ecosistemas expuestos a contaminantes, mediante pruebas de laboratorio o estudios en campo utilizado desde componentes subcelulares, células y secciones de tejidos, hasta organismos completos. Al respecto en el laboratorio de toxicología ambiental se cuenta con una batería de pruebas ecotoxicológicas, con plantas como Vicia faba y algunos grupos taxonómicos como peces y anfibios, utilizando biomarcadores, como micronúcleos, intercambio de cromátidas hermanas y fragmentación al ADN, con el fin de evaluar el riesgo de los contaminantes ambientales, así como de diversas sustancias químicas, o mezclas de éstas.
Los ensayos utilizados requieren ser sencillos, prácticos, sensibles y repetibles. A este respecto, se están realizado estudios con plantas como Vicia faba y algunos grupos taxonómicos como peces y anfibios, utilizando biomarcadores, como micronúcleos, intercambio de cromátidas hermanas y fragmentación al ADN. Estas técnicas forman parte de una batería de pruebas ecotoxicológicas que se pretende establecer en el laboratorio de toxicología ambiental, con el fin de evaluar el riesgo de los contaminantes ambientales, así como de nuevas sustancias químicas, o mezclas de éstas.