El laboratorio de Recursos Naturales desarrolla investigación en sistemas ambientales terrestres (agrícolas y forestales) con el objetivo de determinar el estado actual de los sistemas naturales y productivos, con la finalidad de llevar a cabo un manejo sostenible. El laboratorio cuenta con dos áreas: a) el área forestal, enfocada en estudios de mejoramiento, conservación y rehabilitación de los recursos, y b) él área de suelos que evalúa las características físicas y químicas del suelo en los sistemas agrícolas y forestales, con el propósito evaluar el grado de degradación brindando alternativas de recuperación y/o conservación de tan valioso recurso.